“Yu-Gi-Oh!” nun ana karakteri utangaç ve iyi kalpli bir lise öğrencisi olan Yugi Muto’dur. Yugi bir oyun ustasıdır ve büyükbabası tarafından verilmiş Millennium Puzzle adındaki Mısır kutsal emanetine sahiptir. Yugi’nin en iyi arkadaşları Joey Wheeler, Téa Gardner ve Tristan Taylor’dur. Puzzle’i tamamlamasıyla birlikte başka bir kişiliğe dönüşür. Daha sonra keşfedeceği üzere bu ruh, tarihi hakkında her şeyi unutmuş olan 5000 yıllık bir firavunun ruhudur. Hikâye süresince Yugi ve Yugi’nin arkadaşları “Duel Monster” (Düello canavarı) adındaki oyunu oynayarak, firavunun kayıp hafızasını ve ismini bulmaya çalışırlar.

   “Yu-Gi-Oh! GX” serisinde ise hikâye Jaden Yuki etrafında gelişmektedir. Jaden genç ve yetenekli bir düellocudur. Jaden, Seto Kaiba tarafından seçkin kişiler için, açılan Düello Akademisi adındaki okula kaydolmadan önce Yugi’den “Winged Kuriboh” adındaki kartı almıştır. Jaden kayıt testinde düşük notlar aldığı için, düşük notlu öğrencilerin kaldığı Slifer Red yatakhanesine yerleştirilmiştir. Hikâye; Jaden’ın Düello Akademisi’ndeki diğer öğrencilerle olan mücadelesi ve akademinin gizli sırlarıyla başını derde sokmasıyla devam etmektedir.